1. Obrada dubokih rupa je u zatvorenom ili poluzatvorenom stanju, tako da se stanje rezanja alata ne može izravno promatrati.
2. Toplinu rezanja nije lako širiti. Općenito, 80% topline rezanja oduzima se iverjem u procesu rezanja, dok samo 40% buši duboke rupe. Alat za rezanje čini veliki udio toplote rezanja. Lako ga je difuzno kasno i pregrijati, a vrhunska temperatura može doseći 600 stepeni. Stoga se mora usvojiti prisilna i efikasna metoda hlađenja.
3. Čips nije lako isprazniti. Zbog dubine rupe i dugog puta čipa, lako ga je blokirati, što dovodi do loma bita. Zbog toga treba kontrolirati dužinu i oblik iverja i provesti obvezno uklanjanje iverja.
4. Rigidnost procesnog sistema je loša. Zbog ograničenja veličine rupe, omjer promjera dužine rupe je velik, cijev za bušenje je tanka i duga, krutost je loša, lako je proizvesti vibracije, a rupa za bušenje lako odstupa, tako da vrlo je važno podržati i voditi.
Da bi se svrdlo pravilno uvelo u svrdlo, obično se usvaja način obrade rupe za vođenje na izratku ili upotreba vodilne čahure, prva se koristi za obradu jednog komada, a druga za serijsku proizvodnju. Pogreška bušenja duboke rupe uzrokovana je razmakom između nastavka i vodilne čahure (vodeća rupa) i povećava se s porastom aksijalne sile. Utjecaj zazora između vodilne čahure i nastavka na pogrešku bušenja. Na početku bušenja radijalna sila pritiska blok vodilice za bit na zid rupe vodilice. Zbog razmaka između njih, središte nastavka odstupa od središta rotacije obratka. U ovom trenutku, promjer izbušene rupe je manji od promjera bita. Kad blok vodilica počne ulaziti u obrađenu rupu, pod djelovanjem zida rupe s nešto manjim promjerom, vanjski rub se istiskuje prema van, tako da je središte svrdla pomaknuto u suprotnom smjeru od središta rotacije obratka, tako da se promjer rupe proširi, a trenje između vodilice i zida rupe stisne, tako da se obrtni moment brzo povećava.
